科普工作在弘扬科学家精神、培养科技创新人才队伍、营造社会创新氛围、提升公民科学素质等方面发挥了重要作用。研究所作为科研“国家队”，自建所以来就重视科普工作，始终坚持以科学启民智，用知识促发展。近年来，研究所以习近平总书记科技创新与科学普及“两翼理论”为指导，不断创新科普形式、丰富科普内容，围绕湖泊-流域生态环境保护和城镇绿色发展，积极开展公众科学日、科普讲座、科技课堂、科普作品创作等系列科普工作，获得了良好的社会反响。 

　　研究所拥有包括以薛滨研究员为代表的科普首席专家、科普团队、专职科普人员、科普志愿者在内的较为完备的科普队伍，为科普产品创作、科普活动开发和执行提供保障。研究所依托国重、院重、野外台站、公共技术服务中心、数据中心、期刊、学会等众多科研和支撑平台，在全国科普日、全国科技周、中国科学院公众科学日等期间开展公众开放日、科普讲座、科技课堂以及系列科普征文、绘画、夏令营等科普活动。研究所积极承担各类型科普项目，包括国家基金委科普项目和中国科学院重大科普项目等项目，其中“天地生”主题系列科普产品、“人与自然主题系列”科普图书专项等获高额资助。在科普项目资助和科普团队努力下，形成了以《湖泊科普系列丛书》为代表的具有重要影响力的高端科普产品。以科普作品为依托形成的科普成果荣获2021年度江苏省科学技术奖（科普类）、“2019年中国科学院优秀科普图书”、“中国科普作家协会第六届优秀科普作品”、“全国有声读物精品出版工程”、“2019年度全国优秀科普作品”等有重要影响力的奖项。研究所的科普工作为弘扬科学家精神、提升公民科学素质、实施创新驱动发展战略、推进科技自立自强提供了有效支撑。 

　　江苏省科普教育基地由江苏省科学技术协会、江苏省哲学社会科学界联合会、江苏省科学技术厅、江苏省教育厅联合认定，旨在鼓励支持社会力量参与科普事业发展，开发和利用社会科普教育资源，推动科普基础设施建设，加强对科普教育基地的管理，不断提高全民科学素质。获批2022年江苏省科普教育基地后，研究所科普公共服务能力将获得进一步提升。