湖泊与环境国家重点实验室（State Key Laboratory of Lake Science and Environment）是在1991年成立的中国科学院湖泊沉积与环境开放实验室的基础上筹建的，依托于中国科学院南京地理与湖泊研究所。实验室2006年通过国家科技部全部评审论证程序，2007年正式批准建设，2009年12月实验室通过建设验收，2010年、2015年分别以良好类成绩通过评估。
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 | 实验室以探索自然与人文要素驱动下湖泊系统过程、格局及其相互作用规律为基础，针对保障湖泊水安全和维系区域生态安全为核心的国家紧迫需求和现代湖泊科学发展的需要，重点在湖泊形成与演化、湖泊水文与水资源、湖泊生物与生态及湖泊环境与工程四个领域展开研究，揭示湖泊环境演变规律，发展湖泊环境污染治理和生态修复的原理与技术，建立湖泊-流域综合管理的理论与方法。 |
实验室拥有一支优秀的、结构合理的研究队伍，现有固定人员90名，研究员45名，45岁以下科研人员比例达68%，科研骨干均具有博士学位或国外科研合作交流经历。实验室主任为沈吉研究员，学术委员会主任为秦大河院士。实验室有科技部“万人计划”科技领军人才2名，国家杰出青年基金获得者5名，国家优秀青年科学基金获得者5名，“973”项目首席科学家2名，国家科技重大专项负责人2名，国家重点研发计划项目负责人3名，科技部基础性专项项目负责人2名，科技部支撑计划项目负责人2人，国家自然科学基金创新研究群体1个，中科院创新交叉团队2个。实验室流动人员包括博士后、博士研究生、硕士研究生以及客座研究人员。现有在站博士后8名，在读博士生63名，硕士生40名，客座研究人员13名，技术及管理人员11人，是一支中青年相结合的、高水平、高素质的科研团队。
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实验室在研重要科研项目200余项，包括国家重点研发计划、科技基础资源调查项目、第二次青藏高原综合科学考察研究专项、国家自然科学基金创新研究群体项目、国家杰出青年科学基金、优秀青年科学基金、中科院部战略先导专项、仪器设备购置类项目以及国际交流与合作项目等。实验室拥有有效授权专利280项（发明专利183项），近年来，实验室获国家自然科学二等奖1项，国家自然科学二等奖1项，其他省部级奖21项，获省部级及以上部门采用的咨询报告23篇，发布江苏省地方标准1项，出版专著34部，发表SCI论文近千篇。
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