自2004年以来，研究所立足于水库水质和饮用水安全问题，以千岛湖作为大型水库生态学研究的重要基地，开展湖泊基础理论和环境保护应用研究，揭示了极端水文过程加速营养盐及有机物脉冲式输入，进而诱发水库水华的作用机制；发现了长期增温和高温热浪加大水库水华风险，阐明了大型深水水库热力和溶解氧分层时空分异规律，库底厌氧环境形成及藻华发生机制；研发了水库关键水质参数及水华监测技术，创建了国内首个业务化运行的水库水质水华预测预警系统，提出了保障水质安全的流域与库体管理方案与策略。 

　　该项研究累计获得授权国家发明专利6件、软件著作权登记18项、发表学术论文55篇。研究成果整体达到国际先进水平，全面支撑了“淳安特别生态功能区”和千岛湖全域护水智治体系的构建，科学保障了千岛湖水质长期稳定保持在湖库Ⅰ~Ⅱ类水标准和2016年G20杭州峰会期间钱塘江流域水环境安全。 

千岛湖水质水华预测预警系统发布现场、展示界面及每日预警报告 

　　在持续开展千岛湖湖沼学理论研究的同时，为强化科研成果应用推广，打造开放、共享的国际水库学科理论研究与保护实践的交流平台，研究所与淳安县人民政府签署了共同推进千岛湖生态环境保护战略合作协议，并于2020年12月30日签署了千岛湖生态系统研究站共建协议；该生态站于2021年3月26日揭牌，以国家湖库水环境与水生态保护及流域绿色发展的科技需求为目标，紧贴水库生态学理论的国际前沿，通过对千岛湖及其流域生态系统的观测、研究、示范，认知千岛湖生态系统演替规律，开发千岛湖及其流域生态保护技术，为河流、湖泊、水库等水环境生态环境保护及流域社会可持续发展提供一流的科技服务。生态站自建成以来，始终对标国家级湖泊生态系统观测研究站的要求，踔厉奋发，笃行不怠，在岸基多光谱水质遥感监测等野外监测技术和生态浮岛脱氮除磷技术等工程示范方面取得开创性成果。 

千岛湖生态系统研究站生态浮岛脱氮除磷技术示范工程 

　　未来研究所将继续积极对接国家、省、市、县的千岛湖水库生态环境保护的科技需求，践行“两山”理论，努力把千岛湖打造成为山水林田湖草沙一体化保护和系统治理的样板。