2010年，国家科技部组织专家组对地学领域内的37个国家重点实验室进行了评估工作。近期，评估结果正式揭晓，中国科学院南京地理与湖泊研究所“湖泊与环境国家重点实验室”以良好类成绩顺利通过此次评估。 

专家组一致认为：
湖泊与环境国家重点实验室定位准确。五年来，实验室在湖泊沉积与环境演变、浅水湖泊水动力对水土界面过程的驱动机制及环境效应、富营养化湖泊蓝藻水华预测预警、氮磷营养盐控制与生态修复技术、湖泊流域土地利用变化的水文与水环境效应等方面开展研究，取得了一批有国际影响的重要创新性成果。在过去5年中，承担包括国家973项目、863课题、科技支撑计划项目、科技部基础性工作专项、国家“十一五”水专项、国家自然科学基金重大项目课题、重点基金和杰出青年基金、国际合作等项目212项，到位经费2.1亿元。获国家自然科学二等奖、国家科技进步二等奖各1项；获省科技进步奖8项，其中一等奖1项；发表学术论文865篇，其中SCI收录248篇；出版专著11部；授权发明专利9项。
实验室人才引进与培养并重。通过“以事业稳定人才、国际合作培养人才、引进国外优秀人才”的办法，评估期间新增国家杰出青年基金获得者2人。实验室形成了以中青年学术带头人为主，结构合理、凝聚力强、富有创新能力的科研群体。
实验室构建了由室内分析仪器、野外监测系统和数据中心集成的湖泊与环境综合研究平台，研制了一批有专业特色的仪器设备，为源头创新提供了有力的技术支撑。
实验室充分发挥学委会的作用，学风严谨、制度健全、措施有效、管理规范。依托单位重视实验室建设，在科研用房、经费、招生、人才引进和后勤支撑等方面给予大力支持，为实验室的快速发展提供了有力保障。
同时，专家组对实验室今后的发展也提出了宝贵的建议和指导意见，希望实验室进一步加强高水平领军人才的培养和引进，完善技术队伍梯队建设，并加快可控模拟实验装置的研制与开发，促进数值分析和预报预警能力的持续提升。
湖泊与环境国家重点实验室于2007年10月经科技部批准建设，2009年12月通过建设验收，2010年通过国家重点实验室评估。实验室将以顺利通过本次评估为契机，以评促建，瞄准国际学科前沿研究领域，紧密围绕国家科技发展目标和国家重大需求，规划实验室发展的中长期目标和主要研究方向，努力将实验室建成学科综合优势显著、特色鲜明、国家知识创新体系中不可替代的国际著名湖泊科学综合研究基地、国家湖泊资源利用与环境治理技术研究中心和湖泊科学研究的一流人才培养基地。