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湖泊与环境国家重点实验室实行学术委员会指导下的主任负责制，实验室主任由依托单位推荐，主管部门聘任，报科技部批准。学术委员会由11-15名国内外著名湖泊科学方面的专家组成，其成员由依托单位聘任，每届任期5年，可以连任；其中本重点实验室和依托单位的学术委员不超过总人数的三分之一，中青年学术委员不少于三分之一。实验室学术委员会是实验室的学术评议审查机构，负责审订实验室的研究方向和研究计划；审订开放基金课题指南和课题管理办法；审评开放基金课题申请书、建议资助金额、监督经费使用；听取实验室主任的工作报告，审订实验室的年度报告；参与评议或鉴定实验室研究成果，参与开放基金答辩，开放基金总结报告评议。学术委员会每年至少召开一次会议，其会议纪要应当作为重点实验室年度总结报告的重要附件。 |
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实验室主任之下设室务会。重要事务可由主任召集室务会讨论决定。实验室主任全面负责实验室的各项工作，根据学术委员会制定的研究方向，负责制定实验室的近期和中长期研究目标和总体规划，提出岗位设置计划，聘任研究团队负责人和课题组长，提出和执行财政预算，组织领导实验室的科学研究、学术活动和行政管理，实施对外合作与交流。实验室领导班子由3-5名不同学科方向的科技与管理人员组成。实验室设副主任若干名，分别协助实验室主任管理日常科学业务，行政管理和对外交流活动。研究团队负责人把握从事研究领域的研究方向，制定实施方案，组织和实施研究项目。技术人员和野外台站是实验室的技术保障。实验室学术秘书处理实验室日常事务，材料统计及各类报表等。由实验室主任、副主任和研究团队负责人组成室务会。定期举行室务会议，通过实验室财政预算，讨论决定在实验室科研业务运行、行政管理和对外交流中出现的重大问题。 |
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实验室固定人员实行全员聘任合同制，以公开、公正、竞争、流动的原则，坚持高标准、高起点、高要求、按需设岗、逐级招聘。优化队伍结构，人员总量控制。严格按照中国科学院创新体制，由实验室主任招聘研究团队负责人。对基础性研究、应用基础性研究、技术工作、科学辅助性工作等不同性质的工作，分别建立相应的考核评价标准，实行评聘、考核、解聘制度。保证固定人员更新率达到每5年20%以上，促进实验室多出成果、多出人才。 |
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实验室根据研究方向设置开放基金和开放课题，向国内外加大开放力度，吸引优秀科技人才作为客座研究人员开展合作研究。 |
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实验室要重视学风建设和科学道德建设，加强数据、资料、成果的科学性和真实性审核以及保存工作。通过采取网络、研讨会、专题报告等多种形式介绍相关领域学科的发展，宣传科技成果与业绩，促进重点实验室的发展及湖泊与环境科学的普及。 |
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实验室应加强知识产权保护。对实验室完成的专著、论文、软件、数据库等研究成果均应署实验室名称，专利申请、技术成果转让、申报奖励按国家有关规定办理。 |
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实验室支撑队伍与仪器管理体制： |
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实验室成立技术支撑团队。设团队负责人、技术负责人、质量负责人，组成技术管理层。纳入技术支撑团队管理的仪器设备按工作类别分若干检测组，组内设组长，对组内的检测工作及仪器设备进行统一管理。 |
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对使用率高、服务面广的大型仪器及配套设备纳入技术支撑团队管理。纳入技术支撑团队管理的仪器设备要有专人负责，其运行、维修及添置费用由实验室统一支出。 |
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由检测组与客户签订检测委托书和接受样品，并到技术支撑团队相关人员处登记。检测费的收取和检测报告或数据的发送必须通过技术支撑团队，数据报告由实验室盖章后发出。 |
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检测样品必需收费。检测费收取的标准分所内与所外。对所内的收费至少包含使用的消耗品（化学试剂、水、电、气），仪器设备的折旧和人员管理费。对所外的收费可参考外单位对外检测的收费标准。两种费用标准由检测组提出，由技术支撑团队报室务会审批实施。所收取的费用各组可保留15%作为组内日常工作需要的开支，对兼职人员承担检测工作的检测组，可保留50％进入自己的科研课题。 |
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凡纳入技术支撑团队管理的仪器设备，将按CNAS-CL01（ISO/IEC17025：2005）“检测和校准实验室能力认可准则”、CNAS-CL09“检测和校准实验室能力认可准则在微生物检测领域的应用说明”和CNAS-CL10“检测和校准实验室能力认可准则在化学检测领域的应用说明”的要求运行。由技术支撑团队制定相应的“质量手册”与“程序文件”，由各组制定各检测仪器的“作业指导书”，逐步纳入国家认可的运行轨道，以保证管理规范、仪器工作正常、数据准确可靠。 |
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